Η Διπλωματική Εργασία αποτελεί αυτοτελή, επιστημονική και συστηματική μελέτη, η οποία αποσκοπεί στη διερεύνηση και ανάλυση ενός ερευνητικού ζητήματος στους τομείς της Βιολογίας και της Εκπαίδευσης. Η εργασία εκπονείται με τη χρήση υπολογιστικών προσεγγίσεων και in silico πειραμάτων και δύναται να παρουσιάζει ερευνητικό, μελετητικό, αναπτυξιακό ή εφαρμοσμένο προσανατολισμό. Στόχος της είναι να προσφέρει στον/στη μεταπτυχιακό/ή φοιτητή/τρια τη δυνατότητα εξοικείωσης με την ερευνητική μεθοδολογία, καθώς και με την αντιμετώπιση πρακτικών ζητημάτων που ανακύπτουν κατά τη διαδικασία διεξαγωγής της έρευνας.
Κατά το Γ΄ εξάμηνο σπουδών του Π.Μ.Σ., οι διδάσκοντες/ουσες, κατόπιν πρόσκλησης της Επιτροπής Προγράμματος Σπουδών (Ε.Π.Σ.), προτείνουν θέματα Διπλωματικών Εργασιών, τα οποία ανακοινώνονται στους/στις μεταπτυχιακούς/ές φοιτητές/τριες. Οι ενδιαφερόμενοι/ες υποβάλλουν αίτηση εκπόνησης Διπλωματικής Εργασίας, στην οποία αναγράφονται ο προτεινόμενος τίτλος, ο/η επιβλέπων/ουσα, σύντομη περίληψη της εργασίας, καθώς και δήλωση προτίμησης για το αντίστοιχο θέμα. Ακολουθεί η έγκριση του θέματος από τα αρμόδια όργανα του Προγράμματος, ο ορισμός του/της επιβλέποντος/ουσας και η συγκρότηση της Τριμελούς Εξεταστικής Επιτροπής.
Η Διπλωματική Εργασία δύναται να πραγματοποιείται στο Τμήμα Βιολογίας, στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Δ.Ε.) ή σε συνεργαζόμενα εργαστήρια και ερευνητικά ιδρύματα. Κάθε μεταπτυχιακός/ή φοιτητής/τρια υποχρεούται να εκπονήσει και να συγγράψει πρωτότυπη Διπλωματική Εργασία, η οποία αποτελεί αυτοτελή επιστημονική μελέτη και μπορεί να έχει ερευνητικό, μελετητικό, αναπτυξιακό ή εφαρμοσμένο χαρακτήρα.
Μετά την ολοκλήρωση του ερευνητικού και πειραματικού μέρους της Διπλωματικής Εργασίας και κατόπιν σύμφωνης γνώμης του/της επιβλέποντος/ουσας, ξεκινά η συγγραφή του τελικού κειμένου. Η μορφοποίηση της εργασίας πραγματοποιείται σύμφωνα με το πρότυπο εξωφύλλου και τις σχετικές οδηγίες του Π.Μ.Σ., ενώ η γλώσσα συγγραφής (ελληνική ή αγγλική) καθορίζεται κατά την έγκριση του θέματος.
Το ολοκληρωμένο κείμενο της Διπλωματικής Εργασίας υποβάλλεται στην Τριμελή Εξεταστική Επιτροπή με τη σύμφωνη γνώμη του/της επιβλέποντος/ουσας. Η ημερομηνία παρουσίασης της εργασίας καθορίζεται κατόπιν συνεννόησης μεταξύ του/της μεταπτυχιακού/ής φοιτητή/τριας, του/της επιβλέποντος/ουσας και των λοιπών μελών της Τριμελούς Εξεταστικής Επιτροπής. Στη συνέχεια, η Γραμματεία του Π.Μ.Σ. ενημερώνεται τουλάχιστον επτά (7) εργάσιμες ημέρες πριν από την προγραμματισμένη παρουσίαση, προκειμένου να μεριμνήσει για τη σύνταξη της σχετικής ανακοίνωσης και του πρακτικού βαθμολόγησης.
Η εξέταση της Διπλωματικής Εργασίας πραγματοποιείται ενώπιον της Τριμελούς Εξεταστικής Επιτροπής, στο πλαίσιο ανοικτού σεμιναρίου. Κατά την παρουσίαση, είναι σημαντικό να αναδεικνύονται με σαφήνεια το αντικείμενο, η μεθοδολογία, τα βασικά ευρήματα και η σημασία της εργασίας, ώστε το περιεχόμενό της να καθίσταται κατανοητό στο σύνολο των παρευρισκομένων. Συνιστάται η έμφαση στα κύρια σημεία της μελέτης, με στόχο μια ολοκληρωμένη και αποτελεσματική παρουσίαση.
Μετά την επιτυχή εξέτασή τους και την έγκρισή τους από την Τριμελή Εξεταστική Επιτροπή, οι μεταπτυχιακές διπλωματικές εργασίες κατατίθενται υποχρεωτικά στο Ψηφιακό Αποθετήριο «ΠΕΡΓΑΜΟΣ», σύμφωνα με τις ισχύουσες αποφάσεις της Συγκλήτου του Ε.Κ.Π.Α.